Détermination et analyse de biomarqueurs dans des échantillons cliniques.

Determination and analysis of biomarkers in clinical samples

Abstract

La présente invention concerne un procédé de détermination du niveau normal individualisé d'un biomarqueur chez un sujet de test pour une utilisation lors de l'analyse dudit biomarqueur dans le diagnostic ou la surveillance d'une maladie ou de son traitement chez ledit sujet, ledit procédé consistant à : a) déterminer le niveau d'un biomarqueur dans des échantillons d'un fluide ou d'un tissu corporel dans une population témoin ne souffrant pas de ladite maladie, afin d'obtenir un ensemble de niveaux d'abondance témoins pour ledit biomarqueur dans ledit échantillon ; b) analyser les niveaux d'abondance de biomarqueur témoin de l'étape (a) par rapport à un ou plusieurs facteurs phénotypiques non liés à la maladie afin de déterminer les facteurs phénotypiques ayant un effet statistiquement significatif sur les niveaux d'abondance de biomarqueur dans ladite population témoin pour ainsi identifier des covariables pour ledit biomarqueur, et effectuer une analyse statistique afin de déterminer l'effet de cette ou de ces éventuelle(s) covariable(s) phénotypique(s) sur la variance des niveaux d'abondance témoins ; c) transformer facultativement les valeurs des niveaux d'abondance résiduels provenant de l'étape (b), ayant été ajustées pour compenser l'effet des covariables phénotypiques afin d'obtenir une distribution normale ; d) utiliser des valeurs des niveaux d'abondance témoins résiduels normalisés provenant de l'étape (c) ou les valeurs des niveaux d'abondance résiduels provenant de l'étape (b) ayant été ajustées pour compenser l'effet des covariables phénotypiques, lors d'une étape d'analyse statistique de données génétiques comprenant des variants génétiques identifiés dans ladite population témoin afin de déterminer si une ou plusieurs covariable(s) génétique(s) non liée(s) à des maladies a ou ont un effet sur les niveaux d'abondance dudit biomarqueur dans ladite population témoin ; e) générer un modèle permettant d'ajuster un niveau d'abondance dudit biomarqueur dans ledit échantillon pour compenser l'effet des covariables phénotypiques et/ou génétiques identifiées aux étapes (b) et (d) ; f) évaluer le phénotype et/ou le génotype du sujet de test par rapport au covariables phénotypiques et/ou génétiques pour ledit biomarqueur identifié aux étapes (b) et (d) afin de déterminer les covariables phénotypiques et/ou génétiques individuelles chez ledit sujet de test ; g) et utiliser le modèle de l'étape (e) pour déterminer une valeur d'un niveau normal de l'abondance du biomarqueur dans ledit échantillon provenant dudit sujet de test ayant lesdits phénotype et génotype individuels déterminés à l'étape (f), pour ainsi déterminer un niveau normal individualisé du biomarqueur pour ledit sujet de test.
The present invention provides a method for determining an individualised normal level of a biomarker for a test subject for use in analysis of said biomarker in the diagnosis or monitoring of a disease or its treatment in said subject, said method comprising: a) determining the level of a biomarker in samples of a body fluid or tissue in a control population free from said disease, to obtain a set of control abundance levels for said biomarker in a said sample; b) analysing the control biomarker abundance levels of step (a) with respect to one or more non-disease related phenotypic factors to determine which phenotypic factors have a statistically significant effect on the biomarker abundance levels in said control population thereby to identify phenotypic covariates for said biomarker, and performing a statistical analysis to determine the effect of any such phenotypic covariate(s) identified on the variance of the control abundance levels; c) optionally transforming the residual abundance level values from step (b), which have been adjusted for the effect of the phenotypic covariates, to obtain a normal distribution; d) using the normalised residual control abundance level values from step (c) or the residual abundance level values from step (b), which have been adjusted for the effect of the phenotypic covariates, in a step of statistical analysis of genetic data comprising genetic variants identified in said control population to determine whether any one or more non-disease related genetic covariate(s) have an effect on the abundance levels of said biomarker in said control population; e) generating a model which is capable of adjusting an abundance level of a said biomarker in a said sample for the effect of the phenotypic and/or genetic covariates identified in steps (b) and (d); f) assessing the phenotype and/or genotype of the test subject with respect to the phenotypic and/or genetic covariates for said biomarker identified in steps (b) and (d) to determine the individual phenotypic and/or genetic covariates for said test subject; g) and using the model of step (e) to determine a value for a normal level for the abundance of the biomarker in a said sample from the said test subject having said individual phenotype and genotype as determined in step (f), thereby to determine an individualised normal level of the biomarker for said test subject.

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Patent Citations (1)

    Publication numberPublication dateAssigneeTitle
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